何故意図的に矛盾を入れたか…、ここからは、私の推測ですが、珈琲さんがよくおっしゃる「アニメクリアカード編の世界は矛盾があって、おかしい」というのを視聴者側に思わせるためかなと。（今後の展開も多少関係するとは思いますが）
以前、原作クリアカード編が始まった時、前作終了時と違うことから、クリアカード編はさくらちゃんの夢の世界の話ではないかという説が結構ありました。それとある意味同じかと。
アニメ放映前に、原作最終回準拠のOVAと劇場版2の両方に、「クリアカード編に繋がる物語」と宣伝したことで、私も含めて多くの方が、「新作アニメの設定は、劇場版2の続きでいくのか、原作のアニメ化なのか？」不安になりました。
放映されてからは、アニメ前半は、アニメさくらカード編の続編なのは分かったものの、劇場版2の劇中劇のアルバム写真が出るまで、劇場版2の続きなのか、目に見える形では分かりませんでした。
アニメクリアカード編の放映前・前半は、劇場版2の続きであるにも関わらず、原作でのエリオル邸の設定を加えてたり等して、劇場版2の出来事の意図的に曖昧することで、アニメの世界線に視聴者側が疑念を持つように仕向けたんだと思います。