ごだいさん、色んな方と考察出来たら、私も嬉しいので、気にしないでください(^^)
代償に関しては、正直まだ何とも言えないです。さくらカード透明化は、謎の魔法玉の件により、小狼くんじゃないかとは言われてますが、実際どうなっているかは何とも…。
ただ、今回のアニメの話で、海渡さんが何気にさくらちゃんのことを「カードの作成者」と言っていること、モモ様が「夢の力が強くなっている」と言っているので、原作の情報と合わせたら、
「時計の国のアリス」の力（属性は夢？）が、さくらちゃんの制御しきれない程の強すぎる力に何らかの刺激を加えたことで、さくらちゃんが無意識にクリアカードを発現させられる状態にしたのかなと思います。