まあ考察に戻るなら、「木之本桜と誌之本秋穂の入れ替え」は、間違ってないとは考えてます。
成立すれば、秋穂ちゃんの魔法具化は解決し、ユナ.D.海渡亡き後も彼女の幸福は約束されますが、さくらちゃんにとっては不幸な結末になりますし。
そしてなにより、それなら「木之本桜と誌之本秋穂が似ている」理由も説明できます。
たとえ本人や周りの親しい人達が、その人を、別の誰かだと認識していても、急に赤の他人の人生を歩むことになれば、例えば、背丈の変化だったり、嫌いな食べ物を急に食べられるようになれば、その変化に、どうしたって違和感を感じてしまいます。そうなってくればいずれ、自分は何者か分からなくなってしまう恐れがあります。(1世紀前は上手くいかなかった理由にも当てはめることができます)
だからユナ.D.海渡にとっては、秋穂ちゃんが入れ替わる対象と同じ体格で、嫌いな食べ物が同じ、似ている方が都合が良いと考えることができるんですよね。(作中でも彼は、秋穂ちゃんに友達のことや夢のことを質問していましたし)