ん〜、家族の大切さを確かにCCさくらは描いてますが、さくらちゃんの家族の事情を全部明らかに…というのは少し違うかなと感じます。
ここからは、考察というよりは私自身の考えになりますが、
私自身も家族のことで、昔色々あってすごく悩むことあったので、さくらちゃんの家庭環境は正直人事という訳ではないので、余計思うのですが、CCさくらの世界の家族というのは、色々な事情があって、片親家庭だったりして、
描かれてないだけで、家庭のことで周りから何か言われたりして、複雑な思いを抱えたり、時に傷ついたりすることだってあると思うんです。
ましてや、CCさくらが描かれ、私達が今生きている平成という時代は、核家族化が進んで、
周囲にさくらちゃんや小狼くん・知世ちゃんみたいに何らかの事情で片親家庭になったという子も本人達があからさまに言わないだけで、珍しい話ではないと思います（私もその一人ですが）。
CCさくらのテーマは家族の大切さはもちろんあるとは思いますが、それよりも
“複雑な事情を抱えていても、偏見を持たずに、違いを受け入れ、乗り越えて、皆んなが他者を思い遣ることで、優しくて暖かな世界は出来る”
ということを伝えたいのではないかなと思います。
ただ、それは違いを気にしたり、拒絶されたりしたら、脆く壊れやすくなるという面もありますが…。
クリアカード編で、さくらちゃんの家庭事情（撫子さんや曾祖母のこと）が出て来たのは、単純に話を展開する上で、掘り下げる必要が出て来たからだと思います。